O município de Nova Ipixuna foi criado através da Lei nº 5.762 de 20 de outubro de 1993, sancionada pelo então governador Dr. Jáder Fontenelle Barbalho, tendo sido desmembrado dos municípios de Jacundá e Itupiranga, comsede na localidade de Nova Ipixuna, que passou à categoria de cidade, com a mesma denominação.
O Município teve sua origem no início de 1973, com a formação de uma Vila remanejada das margens dos rios Tocantins e Araguaia, devido a formação do lago reservatório da Usina Hidrelétrica de Tucuruí.
O rápido crescimento da vila Nova Ipixuna, se deu em conseqüência da construção da Rodovia PA-150, que facilitou o acesso de pessoas das diferentes regiões do país, o que favoreceu a mudança de categoria de Vila para distrito de Nova Ipixuna, do município de Itupiranga. Devido a quase completa ausência de serviços básicos e sua distante localização do município de Itupiranga foi criada uma comissão pró-emancipação, na qual tomaram parte políticos, associações, sindicatos, igrejas e populares, além de várias autoridades constituídas. Essa manifestação acabou, sendo referendada através de um
plebiscito ocorrido em 15 de junho de 1997, com índices de 92,5% de votos favoráveis à proposta de emancipação. Sua instalação aconteceu no dia 1º de janeiro de 1997, com a posse do prefeito José Elias Jabour, do vice-Prefeito e vereadores eleitos no Pleito Municipal de 3 de outubro de 1996.
